La tradizione indica san Petronio come ideatore della basilica, che avrebbe dovuto imitare il Santo Sepolcro di Gerusalemme, edificata sopra un preesistente tempio dedicato a Iside. Le origini degli edifici sono comunque molto antiche: la chiesa di san Giovanni Battista o del Santo Crocefisso risale all'VIII secolo, la chiesa del Santo Sepolcro al V secolo: qui in una cella sormontata da un altare con pulpito era situata la tomba di san Petronio, vescovo di Bologna dal 431 al 450 e protettore della città.

 

La chiesa dei Santi Vitale ed Agricola risale al IV secolo e conserva i sarcofagi dei due martiri. Il complesso subì devastazioni durante la feroce invasione degli Ungari all'inizio del X secolo e venne in buona parte ricostruito dai benedettini nei primissimi anni dell'XI secolo. I numerosi restauri eseguiti verso il 1880 e nei primi decenni del XX secolo hanno si eliminato le varie superfetazioni (tranne il "cappellone" del XVII secolo), ma hanno anche mutato il volto antico del complesso.

 

Soprattutto vennero maldestramente alterati il Santo Giardino o Cortile di Pilato, in origine con tre colonne e quattro arcate per lato e la chiesa della Trinità. Il cortile venne ampliato aggiungendo un'arcata arretrando la facciata del "Martyrium" (che in origine avrebbe dovuto essere l'abside e non la facciata). Purtroppo queste modifiche si basavano sulle conoscenze delle forme attuali del Santo Sepolcro a Gerusalemme, ricostruito dai Crociati, senza però sapere che in realtà il complesso di Santo Stefano si ispirava invece a quello originale e perduto, eretto da Costantino nel IV secolo.

 

Dal 2013 nella Basilica risiede una famiglia monastica benedettina della congregazione del Brasile.

 

Dalla piazza Santo Stefano si ha una visione d'insieme che comprende le facciate delle tre chiese del Crocifisso, del Sepolcro e dei Santi Vitale e Agricola. Il gruppo presenta, nonostante le tipologie differenti, i numerosi interventi, restauri e rifacimenti, una consolidata omogeneità stilistica che ne fanno il monumento romanico più interessante della città di Bologna.

 

Negli spazi esterni alla basilica si trovavano due sarcofagi medievali che hanno custodito le spoglie dei primi vescovi della Chiesa di Bologna. Dopo il restauro della pavimentazione della piazza, nel 1994, tali sarcofagi son stati collocati nel giardino attiguo al lato destro della Chiesa del Crocifisso.

 

La chiesa del Crocifisso è di origine longobarda e risale all'VIII secolo: è costituita da una sola navata con volta a capriata e presbiterio sopraelevato sulla cripta. Nella navata, a sinistra, si nota il complesso statuario settecentesco del Compianto sul Cristo morto di Angelo Gabriello Piò. Al centro del presbiterio, rimaneggiato nel XVII secolo, a cui si accede tramite una scalinata, si trova il Crocifisso, opera di Simone dei Crocifissi risalente al 1380 circa. Alle pareti affreschi del XV secolo con il Martirio di santo Stefano.

 

Sotto il presbiterio vi è la cripta suddivisa in cinque navate con colonne di diversa fattura, una delle quali, secondo la leggenda, dallo zoccolo al capitello equivale perfettamente all'altezza di Gesù (circa un metro e settanta, elevatissima per l'epoca); in fondo ad essa, in due urne riposte su un altare, sono custoditi i resti dei Santi Vitale e Agricola. Ai lati dell'altare, pochi anni fa sono stati rinvenuti, sotto uno strato di intonaco, due affreschi cinquecenteschi che illustrano il martirio di Vitale ed Agricola. Nella navatella di sinistra, in fondo presso l'altare, si trova un piccolo affresco di inizio Quattrocento, la cosiddetta Madonna della Neve, forse di Lippo di Dalmasio. Un oggetto di minore pregio artistico ma di una qualche suggestione è la candida statuetta della Madonna Bambina, all'inizio della cripta, sulla parete destra.

 

La chiesa risale al V secolo, costruita dal vescovo Petronio come simulacro del S. Sepolcro costantiniano di Gerusalemme e ricostruita agli inizi dell'XI secolo dai monaci benedettini dopo che venne pesantemente danneggiata durante le devastanti invasioni ungare del X secolo. L'edificio, a pianta centrale, è costruito su un perimetro a base ottagonale irregolare al centro del quale si erge una cupola dodecagonale. Al suo interno ci sono 12 colonne di marmo e laterizio, mentre al centro si trova un'edicola che custodiva le reliquie di San Petronio, qui rinvenute nel 1141. La porticina del Sepolcro viene aperta una settimana l'anno, dopo la celebrazione della messa di mezzanotte di Pasqua, alla presenza dei Cavalieri del Santo Sepolcro.

 

Anticamente era possibile strisciarci dentro per venerare i resti del santo; le prostitute di Bologna, la mattina di Pasqua, inoltre, in memoria di Maria Maddalena, vi si recavano per pronunciare, dinanzi al Santo Sepolcro, una preghiera il cui contenuto esse stesse non hanno mai voluto rivelare. Sempre secondo un'altra antica tradizione le donne incinte di Bologna solevano camminare trentatré volte (una per ogni anno di vita del Salvatore) attorno al Sepolcro, entrando ad ogni giro nel sepolcro per pregare; al termine del trentatreesimo giro, le donne si recavano poi nella vicina chiesa del Martyrium per pregare dinanzi all'affresco della Madonna Incinta. Oggi il corpo di san Petronio non si trova più in questa chiesa, dopo che nell'anno 2000 il cardinale Giacomo Biffi l'ha fatto traslare nella basilica di San Petronio, che già custodiva il capo del patrono della città.

 

Nella chiesa si trova anche una fonte d'acqua che, nella simbologia del complesso stefaniano basato sulla passione di Cristo, viene identificata con le acque del Giordano, e che dal punto di vista archeologico rimanda alla sacra fonte del complesso isiaco preesistente. Probabilmente il tempio di Iside si trovava proprio in questa zona, come sembra dimostrato, oltre che dalla presenza della fonte (il culto della dèa egizia richiedeva la presenza di una fonte d'acqua sorgiva), dalla persistenza di sette colonne di marmo greco, proveniente dalla città di Karistos (secondo rilievi compiuti dall'Università di Geologia di Padova), certamente di epoca romana; esse sono state riutilizzate, come si nota chiaramente, visto che le sette colonne romane, ancora in piedi, sono state affiancate in età medievale da altrettante colonne in laterizio, mentre dove le colonne romane mancavano, distrutte dalle incursioni degli ungari, vennero costruite nuove colonne più robuste.

 

Una colonna di marmo cipollino nero, di origine africana e di epoca romana (anch'essa certamente di riutilizzo da un edificio precedente), scostata rispetto alle altre, simboleggia la colonna ove Cristo venne flagellato e, come si legge in un cartiglio, garantiva 200 anni di indulgenza a ciascuno ogni volta che si visitava questo luogo.

 

La volta e le pareti della chiesa avevano in origine affreschi con scene bibliche realizzati da Marco Berlinghieri (figlio di Berlinghiero Berlinghieri) alla metà del XIII secolo, quasi del tutto eliminati nel 1804 per essere sostituiti da nuovi affreschi in stile barocchetto eseguiti da Filippo Pedrini, a loro volta eliminati dai successivi restauri di fine Ottocento; ciò che resta degli affreschi originali duecenteschi (una scena che rappresenta la Strage degli innocenti) è visibile nel museo della basilica.

 

La basilica dei protomartiri San Vitale e Sant'Agricola è la più antica del complesso. Questa chiesa di impianto basilicale, senza transetto, con facciata a salienti e abside triconca, è dedicata ai santi protomartiri Vitale e Agricola e fin dalla sua edificazione custodiva le reliquie dei due Santi, rispettivamente servitore e padrone, primi due martiri bolognesi vittime della persecuzione ai tempi di Diocleziano (305 d.C.). Nel 393 vengono traslati i resti da Ambrogio per essere portati a Milano (fatto che testimonia che la basilica era già edificata) e anche nel V secolo veniva mandato un messo da Namazio, vescovo di Clermont, per avere delle reliquie dei protomartiri bolognesi.

 

All'inizio del XV secolo era stato rinvenuto un sepolcro paleocristiano recante la scritta "Symon" e si era sparsa la voce che fosse la tomba di Simon Pietro, ovvero di san Pietro. Questa notizia, priva di qualsiasi fondamento storico, aveva attirato numerosi pellegrini, distraendoli da Roma, la meta classica di pellegrinaggio. Il pontefice, papa Eugenio IV, allora reagì con veemenza: fece scoperchiare la chiesa, la fece riempire di terra e la lasciò in questo stato per una settantina d'anni. Successivamente, per intercessione dell'arcivescovo Giuliano Della Rovere, la chiesa venne restaurata e riaperta al culto. Un'iscrizione sulla porta laterale ricorda l'evento: "JUL. CARD. S. P. AD VINC. RESTITUIT". All'interno della chiesa vi sono alcuni interessanti reperti: resti di pavimento musivo romano, visibili attraverso un vetro. Poi, nelle due absidiole laterali, due sarcofagi altomedievali attribuiti a Vitale ed Agricola, con figure di animali (leoni, cervi e pavoni) in rilievo schiacciato. Nella navata destra, sulla parete, una croce viene identificata come quella del supplizio di sant'Agricola (in realtà risale ad un'epoca successiva). L'altare principale, costituito da un'ara pagana rivoltata, è addossato alla parete di fondo, secondo la liturgia tradizionale, ove il celebrante compie i sacri riti nella stessa posizione dei fedeli, rivolto dunque verso oriente (o verso l'abside).

 

Al Cortile di Pilato, così chiamato per ricordare il lithostrotos, luogo dove fu condannato Gesù, si accede uscendo dalla chiesa del Sepolcro. Il cortile è delimitato a nord e a sud da due porticati in stile romanico con caratteristiche colonne cruciformi in mattone e reca al centro una vasca in pietra calcarea poggiata su un piedistallo (di epoca più recente, XVI sec.) il cosiddetto "Catino di Pilato".

Sotto il porticato, al centro di una finestra, su una colonna, c'è un gallo di pietra risalente al XIV secolo, chiamato "Gallo di S. Pietro" per ricordare l'episodio evangelico del rinnegamento di Gesù. Sempre sotto il porticato è possibile osservare alcune lapidi mortuarie tra le quali una, con al centro un paio di forbici vere, appartenente ad un sarto. Significativo per la simbologia della passione di Cristo è che la distanza tra questo cortile e la vicina chiesa di San Giovanni in Monte (così chiamata perché sorge sull'unica protuberanza naturale del piatto centro di Bologna) sarebbe la medesima che c'è a Gerusalemme tra il Santo Sepolcro ed il Calvario.

 

la Chiesa della Trinità o del Martyrium con il presepio più antico è Chiamata anche chiesa della Santa Croce o del Calvario o della Trinità. In origine doveva essere edificata in forma di basilica a 5 navate, con abside antistante il santo giardino (cortile di Pilato) e la facciata verso est, esattamente com'era in origine il Santo Sepolcro a Gerusalemme voluto da Constantino. Probabilmente per mancanza di fondi, Petronio non riuscì a portare a termine l'edificio che rimase incompiuto. Successivamente, con l'avvento dei Longobardi, sarebbe divenuta Battistero. Agli inizi del mille, durante le ricostruzioni operate dai benedettini, ci furono parecchie incertezze su come terminare l'opera, considerando che anche l'originale Santo Sepolcro era stato pesantemente alterato e proprio in quegli anni il califfo fatimita al-Hakim ne operava la distruzione. Così avendo perso i riferimenti storici di com'era in origine, i benedettini non riuscirono a completarlo. Dopo le scriteriate ristrutturazioni tardo ottocentesche, attualmente si presenta divisa in 5 navate, con la facciata antistante il cortile e l'abside rivolta a est, entrambe costruite in stile neoromanico sul modello del Santo Sepolcro edificato dai crociati. Dal tempo delle Crociate e fino al 1950, nella cappella centrale era custodita una reliquia della Santa Croce.

 

Di grande interesse, nell'ultima cappelletta, entrando a destra, è sistemato permanentemente il grande gruppo ligneo dell'Adorazione dei Magi, con statue a grandezza d'uomo. Si tratta del più antico presepio conosciuto al mondo composto da statue a tutto tondo. Uno studio approfondito dell'opera pubblicato nel 1981 da Massimo Ferretti, alla fine del primo grande restauro effettuato da Marisa e Otello Caprara, ha identificato che lo scultore delle statue è lo stesso Maestro del Crocefisso 1291 custodito nelle Collezioni d'Arte del Comune di Bologna. L'opera fu prima scolpita da tronchi di tiglio e di olmo, forse nell'ultimo decennio del XIII secolo da uno anonimo scultore bolognese. L'opera rimase senza coloritura fino al 1370, quando fu incaricato il pittore bolognese Simone dei Crocifissi che ne curò la ricca policromia e la doratura con il suo personalissimo stile gotico. Il restauro del 1981 fece riemergere la splendida policromia, che si era oscurata nel corso dei secoli, come è possibile vedere nelle foto precedenti a quel restauro. Ma con il successivo trascorrere degli anni l'umidità della Chiesa, in cui l'opera era esposta per tutto l'anno, aveva iniziato a rovinare di nuovo la policromia. Per tale ragione agli inizi del 2000 le statue sono state prelevate un paio alla volta e sono state nuovamente restaurate, fino al 2004, in cui tutta l'opera è stata esposta nella Pinacoteca di Bologna, dove è rimasta fino al Natale 2006, quando è stata riportata a Santo Stefano. Infine, il 21 gennaio 2007 è stata inaugurata l'opera al completo dentro a una grande teca a umidità e temperatura controllate elettronicamente, dotata di vetri antisfondamento, che ospita l'intero gruppo in forma definitiva e permanente.

 

In questa chiesa ci sono anche brani d'affreschi trecenteschi, in particolare un lacerto che mostra Sant'Orsola con le sue compagne di martirio ed una Madonna incinta che, oltre ad essere di pregevole fattura, commuove per il gesto amorevole con cui si carezza la prorompente pancia; l'altra mano della Vergine regge un libro.

 

L'ultima cappelletta a destra è stata dedicata, in tempi recenti, ai Bersaglieri, ma è priva di contenuti artistici.

 

Il chiostro medievale, di dimensioni maggiori rispetto al cortile di Pilato, è caratterizzato dal fatto di essere su due piani: quello inferiore (probabilmente anteriore al Mille) è impostato su ampie aperture ad arco preromaniche; quello superiore è un magnifico esempio di colonnato in stile romanico, probabilmente opera di Pietro d'Alberico nella metà del XII secolo. Interessanti certi capitelli mostruosi, particolarmente due (uno rappresentante un uomo nudo schiacciato da un enorme macigno, un altro raffigurante un uomo con la testa girata di 180°, quindi verso la schiena), i quali avrebbero ispirato alcune forme di espiazione descritte nel Purgatorio al giovane Dante Alighieri. Sotto i portici del chiostro sono affisse alle pareti numerose lapidi recanti i nomi di quasi tutti i bolognesi caduti durante la prima guerra mondiale ordinati secondo gli anni della campagna di guerra e raggruppati secondo la zona di combattimento; nell'atrio dell'ingresso occidentale altre grandi lapidi a tutta parete riportano i nomi dei bolognesi caduti durante la seconda guerra mondiale. Dal chiostro è ben visibile anche il campanile del complesso, originario del XIII secolo, ma sopraelevato nell'Ottocento. Sotto al portico del lato settentrionale del chiostro è situata l'entrata del museo di Santo Stefano.

 

Il Museo di Santo Stefano Raccoglie una serie di preziosi oggetti cultuali, come un elaborato bastone pastorale in avorio, reliquiari e abiti talari, oltre ad alcune opere d'arte non più esposte nelle sette chiese; una di queste, di particolare interesse, è una formella in altorilievo di epoca longobarda che rappresenta Gesù tra i Santi Vitale ed Agricola. Una curiosità priva di valore artistico ma di un certo valore storico è dato dalla Benda che, secondo la leggenda, era indossata dalla Madonna in persona. Tra i dipinti si segnalano: Santi di Simone dei Crocifissi, provenienti da uno o più polittici smembrati; San Petronio e storie della sua vita, attribuito a Michele di Matteo; il reliquiario della testa di San Petronio, opera di oreficeria di Jacopo Roseto del 1380; Madonna con il Bambino e San Giovannino dipinta da Innocenzo da Imola nel XVI secolo; l'affresco della Strage degli Innocenti di scuola lucchese del XIII secolo, parte del ciclo decorativo della cupola del Santo Sepolcro.